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cadnanoの起動

  • (1) cadnanoのみで起動する場合

    プログラムとファイルの検索からcadnanoを検索できる。アイコンをクリックすると、cadnanoが起動する。
    (10)cadnano_search

    (2) Mayaからcadnanoを起動する場合

    Mayaを起動し、画面右上にあるオレンジ色の丸いアイコンをクリックすると、Maya内でcadnanoを起動できる。
    cadonano_btn

    Maya内でcadnanoを起動すると、以下のような画面が表示される。
    maya_cadnano

    今回は(2)の場合について説明していくが、基本的な操作方法は(1)も(2)も同様である。

基本操作

  • 1. 画面を拡大する

    右側の青い部分と、左側の黒い部分の境目にマウスを乗せ、クリックしたままマウスを右に移動させて境目を引っ張る。
    window1

    すると、下のように左側の画面が広がる。
    window2

  • 2. Squareボタンをクリック

    「Square」というボタンをクリック。
    square_btn2

  • 3. 丸をクリック

    画面左上に、下図のように丸が出現するので、必要な分だけ縦にクリックしていく。クリックすると、色が変わって数字が表示される。ただし、クリックする数は偶数にする。
    ここで、最初の数字が0ではなく1だった場合、「Ctrl + Z」を押してやり直し、0が出るまで別の場所をクリックしてみる。
    square

    丸をクリックすると、画面左下に下図のようなものが表示される。これがDNA配列を表す。
    DNA_sequence

  • 4. 1本鎖DNAを作成する

    先ほどクリックして色が変わった丸を、もう一度クリックする。
    すると再び色が変わり、濃いオレンジ色になる。そして、下の画面に青い矢印付きの線が表示される。この線は、1本鎖DNAを意味する。下図は、0と書かれている丸をクリックし、第0行目における1本鎖DNAを表示したときの図である。
    DNA_sequence2

    同じように、数字の付いた丸を、順番通りに一個ずつクリックしていく。すると、下の画面の青い矢印が自動的に繋がり、四角い図形が形成される。これは、各行の1本鎖DNAが、配列の末端で隣のDNA配列と繋がっていることを意味する。下の図では、0と1の行、2と3の行、4と5の行が繋がっている。
    DNA_sequence3

    各行にある小さなマス目が塩基を表していて、マス目の個数分だけ塩基を増やせる。また、青い四角が実際に利用している塩基の個数を意味している。初期では、最大塩基数が64、実際の塩基数(青い四角の長さ)が32となっていて、よく見ると8塩基ずつに区切られているのが確認できる。
    一方で、画面右では3Dの図が表示されている。
    DNA_sequence_3D

  • 5. 塩基数の上限(マス目の数)を変更する

    左下画面の、右上にある右向き矢印をクリックする。
    DNA_sequence4

    すると、下のようなウィンドウが表示されるので、増やしたい塩基数を32の倍数で入力する。
    DNA_sequence5

    下図は、64塩基増やして最大塩基数を計128塩基にしたときの図である。これによって、最大128塩基のDNA配列を作成できるようになった。
    DNA_sequence6

  • 6. 塩基数を変更する

    まず、Selectモードを選択する。次に左下の画面で適当な場所でクリックし、そのままマウスを動かすと灰色の四角が表れる。その灰色の四角で、青い四角の右端を囲う。すると、下図のように右端が赤くなる。
    DNA_sequence7

    続いて、赤くなった部分をクリックしたまま、マウスを右方向にドラックする。
    DNA_sequence8

    すると、下図のように青い四角が拡大され、塩基数を増やすことができる。青い四角は8の倍数ずつ拡大できる。
    下図では、32塩基から64塩基分拡大して、計96塩基対にした。
    DNA_sequence9

    画面右の3Dの図も同時に拡大されている。
    DNA_sequence_3D2

以上が、cadnanoの基本的な操作方法である。
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